Зимой 1647/48 года, выполняя распоряжение Новгородского приказа, Соликамский съезжий поручил выборному человеку Суровцеву и подьячему съезжей избы Бахтину провести сыск беглых крестьян и вывезти их в район реки Кунгурки и Степанова городища (ныне село Ленек). "И подушные записки по них в житье и в государеве тягле (взять), чтоб им за государем жить и никуды не убежать".
Так в 1648 году, в двух верстах от места впадения реки Кунгурки (Кунгур) в Ирень, возникло поселение Кунгур. Вывезенные сюда крестьяне энергично принялись за устройство жилищ и обработку земельных угодий. Нелегким это было делом, не всем оно оказалось под силу. Многие поселенцы ввиду отсутствия государственной помощи бедствовали или вынуждены были бежать в другие места.
В 1662 году отряды восставших башкирских феодалов разорили населенные места Кунгурского уезда, напали на Кунгур и сожгли его. Оставшиеся в живых кунгуряки били челом царю о разрешении построить острог, так как иначе они "...от татар и башкирцов селитца не смеют потому, что у них острогу и ружья на Кунгуре нет". На челобитной дьяк Алмаз Иванов пометил: "Велено на Кунгуре, обыскав место где крепь, и к крепи устроить острожок". И вот в 1663 году на господствующей высоте у слияния рек Сылвы и Ирени, имеющей большое стратегическое значение для защиты города, положил свое второе основание один из старейших городов Урала - Кунгур. Чтобы обеспечить защиту города от нападений, в 1675 году кунгуряки построили рубленую деревянную крепость-кремль, которая имела 8 башен с бойницами, 2 из них - с проезжими воротами. Общая окружность крепости составляла 323 сажени, а высота стен - 3 сажени. Внутри крепости были церковь, воеводский дом, канцелярия и другие здания.
Уже в 1720 году в Кунгуре возникло кожевенное производство. Семь умельцев из посадских людей установили чаны и выделали 140 кож. В 1724 году в Кунгуре был основан первый кожевенный завод. По ревизии 1763 года, на кожевенном заводе работало 72 сапожника и 94 сыромятника.
В первой половине XVIII века в Кунгуре приступили к выплавке меди. В 1712 году вступил в строй медеплавильный завод на реке Сылве близ Кунгура, позже были построены заводы в Быму, Ашапе, Курашиме и в других местах.
30 июля 1720 года в Кунгур прибыл начальник горных заводов Урала Василий Никитич Татищев. Он не только радел за расширение производства, но и уделял большое внимание созданию горнозаводских школ по подготовке специалистов. Одна из таких школ была открыта здесь в 1721 году, и обучалось в ней 16 учеников.
В XVIII веке Кунгур становится важным торговым и ремесленным центром Урала с развитыми кожевенной, мыловаренной, салотопной отраслями производства и различными промыслами.
Вот как описывает в своих "Путевых записках" пребывание в Кунгуре русский революционный мыслитель и писатель А. Н. Радищев: "Место, местами гористое, местами плоское, до Янычева 15... до села Русского Крыласово 25. Крыласовская волость, везде есть волостные суды. Исправники посылают им указы. Не доезжая Кунгура гора высокая, стоит на реке Ирени и Сылве. Город старинный, худо выстроен... Старая воеводская канцелярия, в середине два столба, у одного цепь, в прихожей перегородка решетчатая для сажания колодников. На горе старинная деревянная крепость, то есть забор с башнями, в них ворота. На площади перед забором 20 пушек чугунных на лафетах, из коих 3 годных. Тут же хранятся и орудия казни, топор, крюк, которым за ребра вешали... железцы да клейма малые... По Сылве ходят суда на Каму, а оттуда в Волгу и шитники возят хлеб до Рыбинска, а от Макарья берут кладь в Пермь... Промысел кунгурский, кожевенный и сапожный, хлебный, разный мелочный товар, но мало. Лавки отворяются по понедельникам в базар. Продают книги русские, прологи... Берег Сылвы обделан местным деревом. Место красивое, вокруг поле. На базаре продают хлеб свой, рыбу из Сибири свежую и соленую, хмель из России. Сено, дрова, масло льняное, лен, оглобли, горшки, чугунки, патоку, сало. Многие кунгурские купцы имеют откупные винные в других городах..."
В XIX веке в Кунгуре не только вырабатывали кожи, но и изготавливали из нее разнообразные изделия (обувь, широкий ассортимент кожаной галантереи). В 1859 году только на одном заводе братьев Пиликиных было выделано 18 тысяч кож на общую сумму 66 тысяч рублей, в том числе 10 тысяч кож черной юфти, 1000 подошвенных и 300 сыромятных кож. К 1860 году в Кунгуре насчитывалось 99 кожевенных заводов и фабрик, где было занято 749 мастеров. Общая сумма выпускаемой продукции составляла 1 миллион 94 тысячи рублей. Умелые руки рабочих достигли высокого мастерства. Кунгурская обувь и другие кожевенные товары неоднократно экспонировались на общероссийских выставках и были отмечены наградами.
В 1858 году известные промышленники Урала Гакс и Гулет основали в Кунгуре механический завод. В 1859 году этот завод уже выпустил 2 железных парохода стоимостью 100 тысяч каждый. Здесь работало 3 мастера и от 150 до 200 рабочих.
В середине XIX века особое значение в городе приобрела торговля чаем. В 1840 году кунгурский купец Алексей Семенович Губкин основал фирму по продаже чая с центральной конторой в Москве. Постепенно он стал самым крупным в России чаеторговцем. В 1900 году торгово-промышленное товарищество "Преемник Алексея Губкина А. Кузнецов и Компания", имея основной капитал 10 миллионов рублей, продало 11 миллионов фунтов развесного чая. Другим крупнейшим кунгурским чаеторговцем был Михаил Иванович Грибушин. Торговые агенты этих купцов жили в китайских городах и на острове Цейлон. Часть чая шла через Одесский порт в Петербург, Москву, Киев, Казань, Нижний Новгород, Вятку, другая - через Иркутск в города Сибири.
В Кунгуре проводились знаменитые кунгурские ярмарки. Разноголосый шум стоял на базарной площади, куда съезжались купцы из многих городов России. Они привозили сырые кожи из Сибири и Казахстана, масло из Казани и Вятки, сукна, шелк и сахар из Ирбита, различные товары из Средней Азии.
Свое название Кунгур получил от реки Кунгур, притока реки Ирень. "Кунгур" - слово татарское, означает смуглый. Видимо, это название произошло от темного цвета воды в реке.